ОЦІНКА ЧАСТОТИ ГЕНЕТИЧНИХ ВАРІАНТІВ, ЯКІ АСОЦІЙОВАНІ З РІВНЕМ ВІТАМІНУ D ТА ОСТЕОПОРОЗОМ В НАСЕЛЕННЯ УКРАЇНИ
DOI:
https://doi.org/10.21856/j-PEP.2022.2.08Ключові слова:
вітамін D, геном, однонуклеотидні поліморфізми, остеопорозАнотація
Циркулюючий рівень вітаміну D та ризик розвитку остеопорозу мають значну успадковуваність. Однонуклеотидні поліморфізми (ОНП) в генах GC, DHCR7/NADSYN1, CYP2R1, CYP24A1, та SEC23A показали значну асоціацію з цими станами в попередніх дослідженнях методом повногеномного скринінгу асоціацій (GWAS).
Мета: вивчення частоти алелей, асоційованих з циркулюючим рівнем вітаміну D та остеопорозу в когорті українців, а також порівнянні частот цих варіантів зі особами західно- та північноєвропейського походження.
Матеріали та методи. Вивчено частоти геномних варіантів, асоційованих з рівнем вітаміну D та остеопорозом в когорті 97 українців на основі даних геномів, отриманих методом повногеномного секвенування (WGS), а також порівняння їх частот зі збірною популяцією європейців (CEU) проєкту “1000 геномів” (особи західно- та північно-європейського походження). Файли з первинними публічно доступними геномними даними українців були анотовані за допомогою програмного забезпечення ANNOVAR і SNPEff з використанням референтної бази даних людського геному версії hg38. Порівняння частот алелей між популяціями проводилося за допомогою точного тесту Фішера з використанням кількості алелей в двох досліджуваних популяціях і побудовою спряжених таблиць 2х2.
Результати. Встановлено, що з 22-ох однонуклеотидних поліморфізмів, включених в аналіз, 10, а саме rs2282679; rs4855; rs10033936; rs3755967; rs17467825; rs12639968; rs1155563; rs17216707; rs10745742; rs180119, статистично достовірно відрізняються за частотою в популяції українців порівняно з популяцією CEU. За допомогою кореляційного аналізу встановлено, що генотипи українців нашої вибірки за ОНП rs3755967, rs17467825, rs2282679 та rs4855 повністю корелюють між собою (r=1), що означає, що вони знаходяться в стані повного зчеплення в українців даної когорти.
Висновок. Отримані результати можуть бути свідченням еволюційних та адаптаційних процесів в регуляції рівня вітаміну D та мінеральної щільності скелету в населення України і потребує подальшого вивчення в дослідженнях зв’язку цього фенотипу з генотипом.
Посилання
Hunter D, De Lange M, Snieder H, et al. J Bone Miner Res 2001;16(2): 371-378. https://doi.org/10.1359/jbmr.2001.16.2.371
Karohl C, Su S, Kumari M, et al. Am J Clin Nutr 2010; 92(6): 1393-1398. https://doi.org/10.3945/ajcn.2010.30176
Wang TJ, Zhang F, Richards JB, et al. Lancet 2010; 376(9736): 180-188. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(10)60588-0
Ahn J, Yu K, Stolzenberg-Solomon R, et al. Hum Mol Genet 2010;19(13): 2739-2745. https://doi.org/10.1093/hmg/ddq155
Jiang X, O’Reilly PF, Aschard H, et al. Nat Commun 2018;9(1): 1-12. https://doi.org/10.1038/s41467-017-02662-2
Boyadjiev SA, Fromme JC, Ben J, et al. Nat Genet 2006; 38(10): 1192-1197. https://doi.org/10.1038/ng18
Manousaki D, Dudding T, Haworth S, et al. Am J Hum Genet 2017;101(2): 227-238. https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2017.06.014.
Oleksyk TK, Wolfsberger WW, Weber AM, et al. Gigascience 2021;10(1): giaa159. https://doi.org/10.1093/gigascience/giaa159
Auton A, Brooks LD, Durbin RM, et al. Nature 2015; 526: 68-74. https://doi.org/10.1038/nature15393
Lasky-Su J, Lange N, Brehm JM, et al. Hum Genet 2012;131(9): 1495-1505. https://doi.org/10.1007/s00439-012-1185-z
Ganz AB, Park H, Malysheva O V, Caudill MA. FASEB J 2018;32(4): 2012-2020. https://doi.org/10.1096/fj.201700992R
Jia F, Sun R-F, Li Q-H, et al. Genet Test Mol Biomarkers 2013;17(1): 30-34. https://doi.org/10.1089/gtmb.2012. 0267
Jakubowska-Pietkiewicz E, Młynarski W, Klich I, et al. Mol Biol Rep 2012;39(5): 6243-6250. https://doi.org/10.1007/s11033-012-1444-z
Esterle L, Jehan F, Sabatier J-P, Garabedian M. J Bone Miner Res 2009;24(8): 1389-1397. https://doi.org/10.1359/jbmr.090301
Falcón-Ramirez E, Casas-Avila L, Cerda-Flores RM, et al. Mol Biol Rep 2013;40(3): 2705-2710. https://doi.org/10.1007/s11033-012-2357-6
Kitjaroentham A, Hananantachai H, Phonrat B, et al. J Negat Results Biomed 2016;15(1): 1-10. https://doi.org/10.1186/s12952-016-0059-7
van Meurs JBJ, Trikalinos TA, Ralston SH, et al. JAMA 2008;299(11): 1277-1290. https://doi.org/10.1001/jama.299.11.1277
Tranah GJ, Taylor BC, Lui L-Y, et al. Calcif Tissue Int 2008;83(3): 155-166. https://doi.org/10.1007/s00223-008-9165-y
van Dijk FS, Zillikens MC, Micha D, et al. N Engl J Med 2013;369(16): 1529-1536. https://doi.org/10.1056/NEJMoa1308223
St-Arnaud R, Jones G. Vitamin D, Fourth Edition 2018: 81-95. https://doi.org/10.1016/C2015-0-05921-4
Myung JK, Jeong JB, Han D, et al. Pathol Oncol Res 2011;17(2): 415-420. https://doi.org/10.1007/s12253-010-9322-2
Purdue BW, Tilakaratne N, Sexton PM. Recept Channels 2002;8(3-4): 243-255.
Tural S, Kara N, Alayli G, Tomak L. Gene 2013;515(1): 167-172. https://doi.org/10.1016/j.gene.2012.10.041
Dehghan M, Pourahmad-Jaktaji R, Farzaneh Z. Acta Inform Medica 2016;24(4): 239. https://doi.org/10.5455/aim.2016.24.239-243
Mitra P, Guha M, Ghosh S, et al. Gene 2017;622: 23-28. https://doi.org/10.1016/j.gene.2017.04.033
ISSN 
ISSN 
